论文初稿与终稿在知网查重方面的差异主要在于查重结果的准确性和重复率。初稿通常会存在较高的重复率，因为作者在撰写过程中可能参考了大量文献和资料，导致部分内容与他人重复。而终稿经过反复修改和润色，重复率会明显降低，更接近原创性。因此，提交终稿进行查重时，应该更加注意文本的原创性，避免不必要的重复。此外，初稿查重结果可能会受到影响，因为内容尚未完全定稿，存在修改的可能性，而终稿查重结果更具参考性和可信度。

另外，论文初稿与终稿在知网查重过程中还存在着时间和精力的差异。初稿阶段，作者主要关注内容的完整性和逻辑性，对于查重的要求可能没有那么严格，因此可能会忽略一些细节或引用格式上的问题。而在终稿阶段，作者需要花费更多时间和精力对论文进行细致检查和修正，确保文中的引用格式规范、语言通顺，并且避免抄袭和重复。因此，在知网查重方面，终稿相对于初稿更具可靠性和可查性。